Пятая часть данных в базах ДНК оказалась загрязненной

Около 20 процентов последовательностей ДНК, принадлежащей другим видам кроме Homo sapiens, оказалась загрязненной вкраплениями человеческой ДНК. Такие выводы сделала группа исследователей, опубликовавшая статью в журнале PLoS ONE.

Около 20 процентов последовательностей ДНК, принадлежащей другим видам кроме Homo sapiens, оказалась загрязненной вкраплениями человеческой ДНК. Такие выводы сделала группа исследователей, опубликовавшая статью в журнале PLoS ONE. Коротко о работе пишет Лента.

Ученые работали с генетическими данными, представленными в двух крупнейших базах ДНК — американской National Center for Biotechnology Information и европейской Ensembl. В американской базе чужеродные последовательности были выявлены в 11 процентах «законченных» геномов и в 22 процентах так называемых исходных последовательностей — тех, из которых потом собирается «чистовой» вариант. В базе Ensembl общая доля загрязнения составила 29 процентов. Человеческие фрагменты были обнаружены в геномах важных сельскохозяйственных растений, а также в геномах многих модельных организмов, например червя Caenorhabditis elegans и шпорцевой лягушки Xenopus tropicalis.

Источником загрязнений ДНК могут быть, например, мертвые клетки кожи, попадающие в пробирки с рук исследователей. Так как сейчас ученые, расшифровывающие новые последовательности, сверяют их с уже имеющимися в базе, загрязнения могут повлиять на результаты будущих исследований. Также новые данные указывают, что имеющиеся в базах последовательности ДНК людей могут содержать вкрапления ДНК ученых, проводивших анализ. Этот факт может повлечь серьезные негативные последствия в будущем, когда лечение многих заболеваний будет основано на анализе последовательности ДНК (терапия некоторых видов рака уже сейчас зависит от геномов раковых клеток).